Friday, March 14, 2014

Step by step IC50 determination using GraphPad

GraphPad  is very useful software for measuring enzyme kinetics and  for determination of IC50. This time I will show you how to use that software for determination of IC50 of a drug candidate. Let's say that name of the drug is brangin, you isolate it from a tree which has abililty to stop activity of  SDH, an important enzyme of a parasite.

First this is the data you need.

brangin (uM)   SDH (umol/min/mg)
2 147
5 147
10 146
20 145
50 144
100 125
200 96
500 55
1000 17
5000 7
10000 2

copy and paste above data (number only) to your GraphPad. First, open that software, then click
File > New > New Project File , the pop up will come as follow :


Please make sure that you tick the red circle above. The it will show you an empty sheets. Paste the data above under X as showed below. The press Analyse to change your data to logarithmic form.


Then, a window will pop up as follow, and find Transform Number , select Transform, then click OK. If you don't do this step, you will not get IC50 value !. So, this step is important to do. 



Then   tick the option transform X value using X=log(X). There are lots of choices there, you should select X=log(X), the click OK



The the window will automatically change as follow. Look at X value, your X data already change to log form. Then click the icon which I sign with red circle below. If your mouse pointer on that icon, it will show a sentence fit curve with non linear regression.


Then next window will come and find Dose-response - Inhibition, then select log(inhibitor) vs. response (three parameters), then press OK.


And next, you will see the IC50 value as follow:


Then, you can see the graph of IC50 too. Look at left side of display, you will find last file Transform of Data 1 under folder Graph. Click it and you will see a graph as follow:



But you maybe will feel strange with the number below X axes. Don't worry, you can change that number to power 10 by this way. First right click X axes.  Then select Format axes ,


Then, select Number format : Power 10 and click OK



then you will get as you want.




If you want to change label for X and Y axes, just click XTitle and YTitle and title Transform of Data 1, you can change with your own label. GraphPad also has a complete text editor including Greek letter and Wingding symbols too.






Finish. Save that data if you need that.

Please don't care so much about my English, as far as you understand what I write and you can immediately do  IC50 determination. :).



Monday, November 26, 2012

Stem gitar (guitar tuner),metronom dan skor musik gratis online

Jika diantara anda ada yang perlu menyetem gitar mengikuti nada standar, anda bisa melayari internet dengan keyword guitar tuner , maka akan muncul berbagai situs stem guitar online gratis. Setelah beberapa kali mencari mana nada yang pas dengan guitar akustik saya, ternyata situs http://www.all-guitar-chords.com/tuner.php adalah pilihan terbaik.

Untuk metronom, sepertinya saya lebih suka di Web Metronome dan www.all-guitar-chords.com .

Musik skor dan softwarenya bisa Anda download di situs www.musescore.com

Silakan layari halaman tersebut dan selamat bermain musik !!

Sunday, November 25, 2012

Serba Gratis Software untuk Tesis dan Skripsi



Several useful free softwares you need to write your thesis. 

Mungkin ada yang butuh serba gratis software untuk menyelesaikan tesis atau pekerjaan anda. Berikut ini ada beberapa software yang gratis namun mancatuih alias maknyus. Meskipun gratis, jangan buru-buru meremehkan kinerjanya. 

Aplikasi grafis 

  • Vektor (pengganti Corel Draw atau Illustrator) : Inkscape
  • Photo editor (pengganti Adobe Photoshop) : Paint.NET
  • Jika cuma ingin mengedit gambar secara sederhana saja, saya pikir  Photoscape sudah cukup baik untuk itu. Aplikasinya ringan dan mudah dipahami.

Office 

LaTeX tools

  • Miktek 
  • LaTeX Editor : TexStudio, Texmaker
  • Bibliography manager (mirip Endnote untuk LaTeX): Jabref 
  • Pdf to bibliography citation : cb2bib . Sofware ini memiliki kemampuan untuk mengekstrak judul file pdf dan seterusnya untuk dijadikan format bibtex untuk bibliografi pada sistim LaTeX.

Perlengkapan lain yang Anda mungkin butuh 

  • Pdf viewer : Gunakan SumatraPDF untuk melihat file PDF. Software ini ringan dan kemampuannya untuk melakukan rename file waktu sedang dibuka dengan cukup menekan F2 pada keyboard PC. Ini benar-benar memudahkan kita untuk mengganti judul buku atau artikel yang baru saja kita download. Adakalanya judul artikel atau buku itu tidak lengkap atau cuma berupa kode-kode saja. Anda bayangkan saja untuk rename biasanya kita perlu tutup dulu file, lalu rename dan buka lagi. Untuk satu dua file tidak masalah, tapi kalau anda sedang menangani puluhan file tentu saja ini merepotkan dan malah bisa salah lagi.
  • Print screen : Mwsnap
  • Explorer : Free Commander . Software ini yang jelas lebih baik dari explorer karena bisa dual panel.
  • Buat Plot : Graph , gnuplot (kalau yang ini Anda belajar dulu bikin plot.. :)). Gnuplot bisa diakses dengan menggunakan LaTeX untuk menghasilkan gambar yang cantik dan professional. Bisa dilihat dari contoh di sini  
  • Remote Access : sebenarnya Windows menyediakan fasilitas remote access, tapi untuk versi professional atau bisnis. Silakan gunakan TeamViewer untuk remote komputer anda di rumah atau di kantor.
  • Simpan gratis. Google menyediakan fasilitas Google Drive. Install softwarenya dan anda tidak perlu memindahkan pekerjaan ke USB stick asalkan internet selalu tersedia di lingkungan anda.  Skydrive juga memiliki manfaat yang sama.

Portable Version 

Software di atas menyediakan versi portable kecuali cb2bib and Jabref, dengan demikian Anda bisa bekerja di komputer manapun tanpa harus install terlebih dahulu.
Jika Anda ingin mencari software portable yang lain silakan layari situs PortableApps .
Nah, menyenangkan bukan? 




Saturday, July 7, 2012

Gnuplot, shell escape and LaTeX

Failure to call gnuplot in LaTeX is very annoying and painful if you get tired to try for hours but in vain. Usually gnuplot is used together with pgfplots package. For running gnuplot in LaTeX, shell escape is required to execute that program because gnuplot is not part of LaTeX.

I offer to you some solutions for Windows user only,

  1. FIRST : check whether your computer  can run gnuplot or not
    Start > Run   type gnuplot and press OK
    Gnuplot should appear after you call it, otherwise you should download gnuplot from here
  2. If you still fail, make sure that you make your file title in one word only!. for example , don't type like this : my report.tex , but type like this myreport.tex and this solution is extremely important for my case. I don't need to to try solution number 3 and or 4 anymore.
  3. Try one of below command in user command. For LaTex editor Texmaker or TexStudio, you can find in Options > Configure Texstudio > Quick Build then select User and then add one of command below :
    %& --shell-escape
    %& -enable-write18
    %& -shell-escape
    %& -shell-escape-enable-write18
    %& --shell-escape-enable-write18

  4. check your gnuplot in
    right click my computer > system properties
    > Advanced > Environment Variables  
    look at System variables , click New  , then fill
      Variable name : gnuplot 
      Variable value : c:\program files\gnuplot\bin  (depend on location of your gnuplot program)
      and then press OK
  5. or.... if the above efforts still not successful, maybe you should try the answer from Harish Kumar here . You need to tick Add application directory to your PATH environment variable during gnuplot installation process. This solution works for Windows Vista and Windows 8. Maybe it can be used for Windows 7 too.  

I hope the above solutions can help you, if not, I am sorry, maybe other expert will help you.

Saturday, February 14, 2009

Apakah Sekarang Awal Kepunahan Bahasa Minangkabau?

--- tulisan ini adalah koleksi lama saya ketika S2 di UI dulu ---

Apakah Sekarang Awal Kepunahan Bahasa Minangkabau?

Ketika saya pergi lebaran ke rumah seorang kenalan di Padang. Saya bertemu dengan keponakannya yang masih kecil duduk di sekolah taman kanak-kanak. Pada saat itu terjadilah terjadilah dialog, bukan dengan bahasa Minangkabau, namun dengan bahasa Indonesia. Sebenarnya, tidak ada yang salah dengan penggunaan bahasa Indonesia tersebut karena bahasa Indonesia adalah bahasa persatuan, bahasa yang digunakan untuk menjembatani perbedaan bahasa suatu bangsa dengan bangsa lain di wilayah nusantara ini.

Masalah sebenarnya adalah kenapa bahasa itu digunakan untuk bicara antara mamak dengan kamanakannya yang sama-sama orang Minangkabau? Kita disini tidak akan mempertanyakan lagi penggunaan Bahasa Indonesia di dalam forum pembicaraan resmi untuk pendidikan atau pemerintahan misalnya. Ini merupakan suatu gejala yang memprihatinkan karena hampir setiap hari saya mendengar pembicaraan informal sesama anak-anak tidak lagi memakai bahasa Minangkabau di kota Padang ini. Saya tidak punya data kuantitatif yang menjelaskan berapa persen anak-anak di Kota Padang menggunakan bahasa Minangkabau dalam percakapan sehari-hari sekarang ini. Padahal pada masa dahulunya bukan saja orang Minang yang fasih melainkan para pendatangpun (etnis China, Melayu, Jawa, Batak/Tapanuli, Aceh) sanggup berbahasa Minangkabau dengan fasih. Faktor percaya diri masyarakat Minangkabau dalam menggunakan bahasa mereka sendiri di masa lalu menjadikan bahasa Minangkabau menjadi suatu identitas budaya di negeri sendiri. Apakah sekarang percaya diri sebagai masyarakat yang punya identitas budaya sendiri telah luntur atau kita tidak mengerti lagi dengan semboyan bhinneka tunggal ika itu?.

Apakah sekarang sedang berlangsung gejala penghapusan bahasa Minangkabau yang telah melahirkan banyak pemikir/pemimpin bangsa di kawasan Nusantara ini semenjak beratus-ratus tahun yang lalu?. Tanpa kecerdasan intelektual para pendahulu kita tentulah tidak bisa menempati posisi jabatan penting di Kerajaan Goa (Sulawesi), Bima, Pulau Seludang (sekarang Luzon, Filipina), Negeri Sembilan, Sulu dan Mindanao, sampai pada tokoh-tokoh zaman kemerdekaan Indonesia. Bahasa Minangkabau yang penuh
nilai-nilai dalam bahasa kiasan atau simbolik dan merujuk kepada hukum alam sudah pasti mempunyai peranan penting dalam membentuk kecerdasan pendahulu kita.

Atau apakah orang tua sekarang takut dibilang kampungan atau ingin kelihatan lebih terpelajar dan modernkah sehingga merasa tidak perlu mengajarkan Bahasa Minangkabau lagi? Tidakkah kita perhatikan ratusan ungkapan pepatah petitih menuntut orang memeras otaknya dan menggunakan pisau analisa yang kuat agar bisa memahami dan menalar alam pikiran Minangkabau yang unik ini?. Maka, apakah logis kalau kita mencap warisan pusako kato Minangkabau yang dapat membentuk berpikiran tajam, analitis dan mengandung seni berbahasa yang indah bisa disebut kampungan?

Atau kenapa orang tua zaman sekarang tidak rela membiarkan anak-anak mereka menguasai lebih banyak bahasa semenjak dini? Padahal dalam syarak (Islam) sudah jelas-jelas mengatakan bahwa kita harus banyak mempelajari bahasa suatu kaum. Menguasai lebih banyak bahasa seperti: bahasa Minangkabau, bahasa Indonesia, Arab, Inggris, Perancis, Mandarin, dsb lebih diinginkan oleh ajaran agama kita daripada cuma tahu satu bahasa saja.

Bahasa merupakan media utama untuk menghantarkan kita menuju pengetahuan. Penguasaan bahasa Minangkabau akan menjadi modal generasi-generasi penerus untuk membuka peti badanciang Alam Minangkabau yang berisi filosofi yang tinggi dan bermutu ini. Ada ribuan pantun, ibarat, mamang, bidal dan sebagainya yang mengandung unsur-unsur spiritual, seni pergaulan universal, pendidikan, kepemimpinan, sosial ekonomi, cara berpikir analitis, etika dan pengetahuan alam. Pada Pidato Pakaian Panghulu misalnya terdapat ungkapan yang indah dengan sarat nilai yang dapat menghantarkan anak-anak kita kelak mengetahui bahwa orang yang pantas jadi pemimpin itu adalah orang yang cerdas, tidak mau didikte kekuatan asing, taqwa, punya pendirian, menyejahterakan rakyatnya, taat peraturan dan tidak berat sebelah. Kalau kita lihat Bahasa Minangkabau kita akan banyak menemukan banyaknya bahasa perumpamaan dan kias yang merujuk kepada alam. Bahasa Minangkabau adalah bahasa simbolis yang dapat mengaktifkan otak kanan dan kiri, bermain antara alam rasa dan pikiran. Perumpamanan bahasa simbolis dan kias akan merangsang kecerdasan mereka yang masih kecil-kecil atau yang sudah dewasa sekalipun. Ada unsur tasurek (tersurat),
tasirek (tersirat) dan tasuruak (tersembunyi atau hikmah) dalam pusako kato Minangkabau.

Kata-kata kias memiliki makna berlapis yang telah diwarisi semenjak dahulu kala merupakan sarana untuk mengasah intelektual orang Minangkabau semenjak kanak-kanak di masa dahulunya. Kata-kata itu tidak saja indah diucapkan tetapi mengandung pengertian yang dalam dan menukik yang tentu saja diketahui dan difahami jika generasi sekarang masih mempergunakan bahasa
Minangkabau. Kemampuan menyusun bahasa yang indah itu juga dilaporkan oleh orang Mesir dari buku Khutub Khasanah yang ditulis pada sekitar awal abad ke 1 M, yang sekarang masih tersimpan di gedung Arca, Kairo menyebutkan adanya sebuah negeri pada sebuah pulau di bawah angin dimana wilayahnya merupakan perlintasan katulistiwa, terkenal dengan orang-orangnya ahli syair yang tinggi mutunya (Emral Djamal, 2003).

Nenek moyang kita menyadari bahwa orang yang mempunyai pengetahuan akan menjadi bangsa terhormat dan berpengaruh. Peran Nabi Muhammad SAW yang mengangkat bangsa Arab menjadi bangsa beradab dan berpengaruh selama abad pertengahan sebagai contohnya. Demikian juga bangsa Israel yang hanya 6 juta orang tapi memiliki banyak pakar-pakar ilmu dari berbagai bidang. Mereka sanggup mengatur sebuah negara adidaya Amerika dan Uni Eropa sehingga negara besar itu membiarkan saja mereka sewenang-wenang bahkan rela mati untuk bangsa Israel seperti apa yang diungkapkan didalam pidato mantan PM Malaysia dr.Mahathir Mohammad.

Marilah kita amati beberapa ungkapan-ungkapan lama warisan nenek moyang kita berikut ini tentang pentingnya ilmu pengetahuan. Ungkapan-ungkapan yang indah pada Pidato Siriah Pinang ini mengandung nilai simbolik yang tinggi bercerita tentang ilmu pengetahuan. Ilmu manakah yang dicari? Pepatah lama mengungkapkan bahwa ilmu yang dicari itu adalah ilmu yang dapat dipakai dan diterapkan dalam kehidupan nyata seperti ungkapan sabanyak itu siriah di balai, sado iko nan ado di dalam carano, iyo ka jadi kapalo baso (walaupun banyak ilmu pengetahuan--disimbolkan dengan sirih-- yang bertebaran di dunia, hanya pati-pati pengetahuan inilah yang akan digunakan di dalam kehidupan sehari-hari). Ilmu yang dikuasai itu hendaknya memiliki kemampuan untuk melintasi terpaan kekuasaan dan perubahan zaman (satahun dipuga Bugih, samusin dilingkuang Cino, usah ka ratak,
rangehpun tidak) serta bisa dipertahankan kebenarannya (luruih manahan tiliak, bababeh manahan cubo, bungka manahan asah). Para pendahulu kita yakin dengan kebenaran filosofi yang dimilikinya karena dasar dari filosofi tersebut merujuk kepada alam yang ditata dengan apik dan seimbang oleh Sang Pencipta. Hasil penataan yang luar biasa ini disebut sunatullah atau di dalam adat dinyatakan sebagai adat nan sabana adat, indak lakang dek paneh, indak lapuak dek hujan

Kesungguhan, kerja keras diiringi sikap yang saleh harus menjadi tabiat dari si penuntut ilmu agar ia tidak membuang sumber dayanya (waktu, uang dan usia) dengan sia-sia. Buah atau inti pengetahuan hanyalah untuk orang yang sungguh dan ulet yang diibaratkan urang kiramaik atau diungkapkan dengan kalimat: satahun tupai balari haram kok basobok jo buahnyo antah ko
urang kiramaik iduik-iduik.

Pati pengetahuan itu menjadi landasan untuk menciptakan inovasi-inovasi baru, gagasan-gagasan baru seiring dengan perkembangan zaman yang senantiasa berlandaskan dengan nilai-nilai luhur dan kemanusiaan seperti yang diungkapkan dalam: samusin siriah di dalam pangguluangan, usah ka layua, malah batambah iduik.

Orang yang memiliki ilmu pengetahuan akan menjadi terhormat di kalangan masyarakat (makanan rajo jo panghulu). Akhirnya ilmu pengetahuan yang dimiliki itu seharusnya membuat kita dekat dengan kehidupan bumi dan langit atau aspek spriritual (saheto dari bumi, sajangka dari langik). Kontribusi pengetahuan kepada masyarakat akan membuat kita dikenang sepanjang masa
(baun nan satahun palayaran).

Begitulah sekilas kutipan pidato sirih pinang yang menuntut orang Minangkabau memiliki pengetahuan dilandasi dengan iman dan ketaqwaan kepadaNya dan punya kepribadian tangguh dan ulet. Tak satupun dijumpai dalam pepatah petitih itu yang mengajari anak cucu Minangkabau menjadi orang yang biadab, anarkhis, inferior, licik, egois dan antisosial. Nilai-nilai berharga itu tentu saja hanya akan dipahami jika sang anak mengerti bahasa nenek moyangnya, yakni Bahasa Minangkabau.

Kita banyak mendengar dari saudara-saudara kita yang pulang dari luar negeri tentang sikap percaya diri orang-orang Jepang, Perancis, Jerman, Swedia, Perancis menggunakan bahasa mereka. Walaupun mereka bisa berbahasa Inggris, mereka tidak akan berbicara dengan kita dalam bahasa Inggris kalau tidak terpaksa. Sikap percaya diri ini merupakan wujud dari kesadaran mereka untuk mendukung dan menghargai bahasa mereka. Kita memang menyadari bahwa masa-masa yang sulit selama ratusan tahun dalam kungkungan penjajahan, tidak saja menguras kekayaan alam, tetapi juga mempengaruhi alam pikiran bangsa ini. Pembodohan yang berabad-abad selama terjajah menimbulkan rasa rendah diri dan tidak percaya diri atas kekuatan sendiri. Namun bukanlah pada tempatnya kita senantiasa terjebak dalam suasana rendah diri setelah menikmati alam kemerdekaan ini.

Budaya daerah adalah aset nasional, menghapus budaya Minangkabau berarti juga telah menyia-nyiakan aset nasional. Sungguh ironi sekali berbagai suku bangsa asing maupun dalam negeri dengan latar pendidikan tinggi jauh-jauh datang ke ranah Minang ini menghabiskan banyak waktu dan uang untuk mendapatkan pengetahuan dari budaya Minangkabau yang unik ini, sementara kita pemiliknya tidak lagi menghargai budaya sendiri. Menjaga kelestarian dan mengembangkan budaya alam Minangkabau adalah tanggung jawab kolektif oleh pewaris-pewaris budaya itu sendiri. Jika warisan ini tidak dihargai tentu bukan hal yang mustahil kalau 20-30 tahun lagi bahasa Minangkabau bisa menjadi bahasa langka didengar dalam percakapan sehari-hari
jika tidak diajarkan lagi pada generasi sekarang. Peran orang tua sangat menentukan sekali karena di tangan-tangan merekalah terletak andil pertama yang sangat menentukan riwayat bahasa Minangkabau di masa mendatang: apakah ia akan berkembang atau punah sama sekali ditelan bumi. Akan lenyapkah sebuah bahasa yang sarat dengan nilai-nilai serta punya kekuatan untuk pengembangan nalar dan alam rasa di bumi tempat budaya itu tumbuh?

Upaya pelestarian kato pusako ini telah dilakukan oleh orang-orang yang mencintai budaya Minangkabau ini. Sebut saja diantaranya: Angku Dt Sangguno Dirajo, Dt Tuah, Prof. Nasroen, Idrus Hakimy Dt Rajo Panghulu menyusun berbagai macam buku tentang Minangkabau, Kamardi Rais Dt P Simulie, Usaha PPIM (Pusat Pengkajian Islam dan Minangkabau) merancang ensiklopedi Minangkabau, Bapak Abdul Kadir Usman dengan Minangkabaunya, serta Bapak Emral Djamal Dt Rajo Mudo yang konsisten selama berpuluh-puluh tahun menggali sejarah dan silek yang sarat dengan nilai-nilai tradisi tanpa digaji oleh seorangpun dan masih ada lagi tokoh-tokoh yang tak tersebutkan namanya. Adanya kurikulum BAM di sekolah-sekolah cukup membantu siswa dalam belajar budaya Minangkabau. Pekerjaan yang luhur perlu kita hargai dan dukung dalam upaya pelestarian dan pengembangan budaya agar
tidak punah dimakan jaman. Sekarang ini banyak vocabulary Minangkabau yang hanya dikenali oleh orang-orang tua saja seperti limpato, lintabuang, sitawa, sidingin, panguba, cikarau, cikumpai, tantadu, sipasin, cindai dan banyak lagi. Usaha untuk membuat ensiklopedi dalam bentuk audio-visual dalam bentuk VCD sekarang ini mungkin telah dikategorikan sebagai hal yang mendesak untuk dilakukan.

Arus globalisasi sekarang ini bukanlah alasan buat kita mengubur budaya sendiri yang merupakan ciri khas dan identitas kita sebagai sebuah bangsa yang berdaulat dan merdeka. Mengidap sikap rendah diri (inferiority complex) sama sekali tidak dapat dibenarkan, demikian juga dengan sifat fanatik yang berlebih-lebihan, seperti diungkapkan dalam pepatah: dilabihi ancak-ancak, dikurangi sio-sio. Sudah bisakah kita menghargai kebudayaan sendiri tanpa meremehkan budaya sendiri atau mendewakan budaya orang lain di abad Milenium ini?

******
H.A.Sikumbang
Mahasiswa Program S2 Farmasi UI

Saturday, February 7, 2009

Ikhlas

Jika Ya jawabannya
alhamdulillah jawabku
Jika Tidak jawabannya
alhamdulillah jawabku

Ya atau tidak samasaja
dua-duanya baik
karena menuju ridhaNya...

Bukan Sekadar Menahan Lapar: Mana yang Lebih Efektif, Puasa 16 Jam atau Ramadhan?

Pernahkah Anda bertanya-tanya, mengapa pola makan manusia modern justru memicu begitu banyak penyakit? Jawabannya sederhana: tubuh kita masi...